尼康顯微鏡由一個共用的初級物鏡，對物體成像后的兩個光束被兩組中間物鏡亦稱變焦鏡分開，并組成一定的角度稱為體視角一般為12-15°，再經各自的目鏡成像，它的倍率變化是由改變中間鏡組之間的距離而獲得，利用雙通道光路，雙目鏡筒中的左右兩光束不是平行，而是具有一定的夾角，為左右兩眼提供一個具有立體感的圖像。顯微鏡實質上是兩個單鏡筒顯微鏡并列放置，兩個鏡筒的光軸構成相當于人們用雙目觀察一個物體時所形成的視角，以此形成三維空間的立體視覺圖像。
在尼康顯微鏡顯微鏡的光學系統中，光源、聚光鏡、物鏡和目鏡的光軸以及光闌的中心必須與顯微鏡的光軸同在一直線上。在設計上，顯微鏡的光軸應該是一致的，但在使用時還必須將光軸的中心調整好，尤其在各類研究用體視顯微鏡的操作中至為重要，否則難以取得觀察和顯微照相的效果。顯微鏡的目鏡安裝于固定的位置上，沒有調整的必要，而物鏡的中心是取決于物間轉換器的精度。
具體需調整的步驟如下：
1.在顯微鏡中光源燈絲的調整
開啟光源開關，在視場光闌處放置乳白磨砂濾光片或一張白紙，同時縮小視場光闌，此時可看到有燈絲象的出現，調整時，利用燈室外三個旋鈕進行調整，其中一個旋鈕可調整燈泡的前一，直到燈絲象較清晰，如燈絲不在中央，則利用其它兩個旋鈕作一下、左右調整，直到燈絲完會調至中央為止。有的廠家生產的體視顯微鏡燈室外側沒有調節旋鈕，這是因為所規定的專用燈泡，在安裝確當后則無需調整。
2.在顯微鏡中聚光鏡的中心調整
先將視場光闌縮小，用10×物鏡觀察，在視場內可見到視場光闌輪廓象，如不在視場的中央，則利用聚光鏡外側的兩個調整螺絲將其調整至中央部分，緩慢地增大視場光闌時，能看到光束向視場周緣均勻展開直至視場光闌的輪廓象完全與視場邊緣內接，說明己經合軸。合軸后再略為增大視場光闌，使輪廓象剛好處于視場外切或稍大一些，這樣適合于作觀察之用。
3.孔徑光闌的調節
在顯微鏡中孔徑光闌安裝在聚光鏡內，研究用體視顯微鏡的聚光鏡的外側邊緣上均具有刻數及定位記號，這樣就便于調節聚光鏡與物鏡的數值孔徑相匹配。但有的聚光鏡外側沒有標刻數字，這樣先將物鏡聚焦，再取下一目鏡，眼睛鏡筒內看，可見物鏡后透鏡呈一明亮的圓，如看不見孔徑光闌的輪廓象，說明開得過大；若僅是一種很小的明亮輪廓象，則說明縮得過小，當緩慢增大剛好與物鏡后透鏡呈一明亮圓時則聚光鏡與該物鏡的數值孔徑相互匹配。
