尼康顯微鏡一般會工作在條件相對惡劣的環境下，要是顯微鏡突然長霉了這可是令人很苦惱的。由于鏡頭的價格昂貴，換新的話用戶可能太過于心疼，如果不買個新的，還是要想辦法除去的，可能會對成像產生影響，但總之是要清除的。
由于尼康顯微鏡鏡筒內的表面往往會有鍍膜，一般情況下即使是輕輕一下也會損壞這層鍍膜的。因此在清潔是一定要注意下了！還有一種情況是霉菌絲長到兩個復合鏡片的接縫里了，這里恐非專業人員不好處理，因此一定要注意不能莽然進行擦拭。
針對尼康顯微鏡需要做好防塵工作，防塵主要在連接目鏡、物鏡以及攝像機接口處進行防塵，主要的方法是非工作時間加蓋防塵罩，這樣可以避免漂浮灰塵的污染。但如果有煙霧等漂浮物污染，則要在非工作時間將設備放置到無塵、干燥的房間保管。如果顯微鏡必須工作在潮濕的環境下，則要保證不要將水，特別是腐蝕性液體濺到顯微鏡上。另外，在非工作時間要將顯微鏡搬移到干燥、通風的環境保管。關于鏡下工作污染問題，可以在物鏡下方安裝一個防塵物鏡框，每天進行清洗。如果顯微鏡用于目視焊接，那物鏡處會集聚很多油污，這里應該每天用酒精清洗，或者選擇工作距離較長的物鏡來長距離工作，以減少污染。
尼康顯微鏡是精密儀器，價格不菲，要想長期使用可得維護好了！
