尼康顯微鏡能把被觀察的物體加以放大外，還能形成正的立體圖象，具有立體感宛如我們直接用雙眼觀察物體一樣。并且具有較長的工作距離、寬闊的視野，較好的成象質量。適用于工廠、研究部門及學校等單位的試驗研究工作，更運用于儀表及細小精密零件的裝配修理與生物解剖等工作。廣泛應用于紡織制品、化工化學、塑料制品、電子制造、機械制造、醫藥制造、食品加工、印刷業、高等院校、考古研究等眾多的領域。
尼康顯微鏡在細胞領域的觀察方法中，樣品不是完全被照明，而是特定點由特殊光照明。散射光被降至低，樣品細節非常清晰。隨后，電腦控制拍攝多種照明的一系列照片，從而得到一個總體圖片。這種巧妙的照明方式甚至允許調節景深，電腦控制能對多種景深進行拍照，然后將其結合為三維圖像。該技術能在幾秒內完成拍照，這樣細胞活動就不會引起清晰度下降。
使用該顯微鏡，得到了活體多細胞生物的超分辨率3D圖像。產生的多交點照明模式使研究者能排除焦外光干擾，從而使3D成像的樣品厚度比普通成像更厚。研究人員每秒拍攝一次2D圖像。
基于一系列顯微圖片，可得出微管運動的動態視頻。在顯微鏡實驗中，對動物細胞的觀察，能夠探索出一些奇特的生物學特性。
